O sistema Agrotitan oferece para as empresas que tem representantes com remuneração variável, o controle de comissões. Para o uso deste controle, deverá ser cadastrada uma regra de comissão geral a ser aplicada para todos os representantes ou diferenciá-la por representante.
Conforme a sistemática da empresa poderá diferenciar o percentual de comissão por produtos, por operações de notas e por clientes. A regra permite ainda a diferenciação do percentual de comissão pelo prazo de vencimento, pelo percentual de desconto ou acréscimo e pela rentabilidade calculada conforme a fórmula da mesma.
Além destas variáveis citadas, o sistema oferece a possibilidade de gerar a comissão para um terceiro que está envolvido no processo da venda, por exemplo, para o gerente comercial, neste caso, o sistema denominou este cargo como sendo o canal de venda.