Existem apenas duas configurações para que o processo funcione corretamente, uma delas no Viasuper e a outra nos PDVs.
Módulo Viasuper
Configurações » Gerais » Custo/Preço, marcar a configuração em destaque para SIM
Módulo JetPDV
acessar o diretório no pdv » cd/ var/actus/config
editar arquivo » vim stores.xml
localizar dentro do arquivo a loja e incluir, caso não existir, a tag » deducao_icms_piscofins="1"